Os técnicos da Assocana que atuam no Controle de Pragas trabalham em sintonia com a equipe de técnicos da NovAmérica Agrícola, para distribuírem tarefas e padronizar os serviços prestados.
Até o quarto corte da cana, a equipe da NovAmérica controla a cigarrinha das raízes (Mahanarva fimbriolata) e o Sphenophorus levis das áreas dos parceiros; depois disso, o departamento Agrícola da Assocana assume o controle dessas duas pragas, além da broca da cana-de-açúcar, que já é acompanhada pelos técnicos da associação desde a implantação do canavial.